Nguyên nhân của suy giáp trạng bẩm sinh:[1]

• Giáp trạng hình thành bất bình thường (tiếng Anh: Dysgenesis):

• Hoàn toàn không có tuyến giáp trạng
• Tuyến lạc (hình thành dưới lưỡi hay trong trung thất)

• Lỗi bẩm sinh trong cấu tạo và chuyển hoá hormone - (tiếng Anh: Dyshormonogenesis), đa số là di truyền lặn trên nhiễm sắc thể thường (autosomal recessive)

• TSH vô hiệu (do bất thường tại các thụ thể của TSH)
• Bất thường tại các bộ phần tiếp thu iodide
• Bất thường của men Peroxidase (không thể đổi iodide thành i-ốt, nên không thể đem iodide vào trong tuyến)

• hội chứng Pendred (suy giáp bẩm sinh và điếc do di truyền)

• Bất thường chuyển hoá của Thyroglobulin
• Bất thường của men Deiodinase

• Trạng kháng hormone (do bất thường tại các thụ thể của hormone)
• Chứng tự miễn ở người mẹ
• Nguyên nhân do thầy thuốc - mẹ dùng thuốc thioamides, quá liều iodine, hay điều trị phóng xạ iodine.
• Thiếu TSH hay thyrotropin-releasing hormone (TRH) (do tuyến yên bất bình thường) - dạng suy giáp trạng này nhẹ hơn và ít bị ảnh hưởng về thần kinh, trí tuệ.